L'organisation de l'église protestante n'est pas hiérarchique mais collégiale à tous les niveaux et comprend hommes et femmes, laïques et pasteurs. L'autorité est généralement exercée démocratiquement par des conseils de paroisse ou des assemblées. Il n'existe pas de catégorie privilégiée de chrétiens. Le ministère pastoral est considéré comme un ministère particulier d'accompagnement et d'enseignement. Le rôle des pasteurs( es) n'est pas fondamentalement différent de celui des autres chrétiens/nes dans l'Église. Les pasteurs/es assument certaines responsabilités : prédication, sacrements, soins pastoraux, et partagent avec les laïques les responsabilités de la vie de paroisse. Les protestants insistent beaucoup sur le sacerdoce universel de tous les chrétiens/nes. Par le baptême et par la foi, tous sont également prêtres, c'est-à-dire enfants de Dieu responsables.
Chaque personne prend également part à la mission de l'Église: faire connaître la bonne nouvelle de l'amour inconditionnel de Jésus-Christ.
La communauté de foi est vue comme un moyen humain pour transmettre l'Évangile. Elle ne revendique aucune infaillibilité doctrinale, elle est au service de l'Église visible qui est un événement et un témoignage. Là où l'Évangile est annoncé, partagé et concrètement vécu et les sacrements administrés selon l' enseignement du Christ, là se trouve l'Église.
Il n'y a pas de modèle immuable d'organisation. Selon le protestantisme, l'Église doit constamment remettre en question ses structures, ses institutions, sa pensée et sa vision du monde, ceci à la lumière des textes bibliques, de l'expérience humaine et du contexte dans lequel on vit. L'Église ne dicte pas à la personne croyante ce qu'elle doit croire et faire. L'accent est mis sur la transmission fidèle du message évangélique pour aujourd'hui.